現在のところ、シングルページアプリケーション (以下、SPA) を始めとした、document.readyが期待通りに発火されない、document.readyが描画と必ずしも一致しない^*1 ページへの正式なサポートは提供しておりません。
また、今後のサポート予定も未定です。

SPAの場合、サイトの構造、フレームワーク、コンポーネント等によって必要な対応が異なります。
その為、汎用的な解決策がなく、現状サポート対応が難しい状況です。

ただし、一般的に広く使われているSPAフレームワークに関しては、以下のインテグレーションガイドをご参考頂けます。
尚、このインテグレーションガイドはあくまで補助資料であり、動作を保証するものではありません。
Kaizen Platform AngularJS インテグレーションガイド

*1

デザイン案のJSは原則、DOMContentLoaded後に1度だけ適用されるため、 読み込み後にDOM生成がされるページにはJSでのデザイン適用が出来ません。 (CSSのみであれば可能です。)
SPA同様に、Ajaxで非同期通信をしている部分へのJSでのデザイン適用も出来ません。

逆に、Web ComponentsやAngularJSを利用していても、DOMContentLoadedとDOM生成が同じタイミングのページであれば、デザイン反映、A/Bテストは通常通り行われます。